檔案銷毀是保護機密信息的必要措施，需根據檔案類型、數量和敏感度選擇合適的方法，如物理銷毀法、數據擦除法、熱處理法和物理破壞法等。銷毀過程需嚴格控制并記錄，以確保信息不泄露且銷毀工作有效。
數據擦除法：
軟件擦除：使用專業的數據擦除軟件，將檔案中的信息徹底刪除。
反復覆蓋：將新數據反復寫入原有檔案，以覆蓋原有的信息。
物理破壞：將存儲介質破壞，如破壞硬盤、U盤等存儲設備。
檔案銷毀審批制度：
鑒定需要銷毀的檔案，應當編制銷毀清冊，辦理批準手續。各單位需要銷毀的檔案，須經單位審核批準后施行；檔案館需要銷毀的檔案，須經鑒定委員會審核，報主管領導部門批準后施行；銷毀1949年以前形成的檔案，須經單位領導人或鑒定委員會審核，并同時報國家檔案局批準。經辦理審批手續后，須對需要銷毀的檔案檢查準確無誤方可實施。
保管期滿但未結清的債權債務會計憑證和涉及其他未了事項的會計憑證不得銷毀,紙質會計檔案應當單獨抽出立卷,電子會計檔案單獨轉存,保管到未了事項完結時為止。單獨抽出立卷或轉存的會計檔案,應當在會計檔案鑒定意見書、會計檔案銷毀清冊和會計檔案保管清冊中列明。